Las instalaciones con que cuenta el Instituto para desarrollar la docencia están asentadas en una superficie de unos 7.000 m2, en los que se incluyen las zonas deportivas y de esparcimiento. Consta de dos edificios en los que se distribuyen las aulas de las 34 unidades, gimnasio, laboratorios de Ciencias Naturales, de Física y de Química, aulas de Dibujo, aulas de Informática, aulas de Música, aula de Medios Audiovisuales y talleres de Tecnología, Biblioteca general con una dotación de 5000 volúmenes, Departamentos, Sala de Profesores, despachos, etc.


El IES Gran Capitán, como resultado de varias reformas para adaptarlo a los requerimientos de la implantación de las etapas educativas diseñadas en la LOGSE, dispone en la actualidad de las siguientes instalaciones:
- Aulas convencionales (34)
- Aulas de desdoble y refuerzo (6)
- Aula de Música (2)
- Aula-Taller de Tecnología (2)
- Aula de Plástica (2)
- Aula de Informática (2)
- Aula de Medios Audiovisuales
- Laboratorio de Ciencias Naturales
- Laboratorio de Química
- Laboratorio de Física
- Gimnasio
- Pistas polideportivas (2)
- Biblioteca
- Despacho-Servicio de Orientación
- Despachos de Departamentos (8)
- Despacho de la AMPA - Departamento de AA.CC.EE.
- Sala de profesores
- Sala de visitas
- Servicio de Reprografía
- Despachos del Equipo Directivo (3)
- Conserjería
- Secretaría administrativa
- Cafetería con comedor